2023年：国家自然科学二等奖(第一获奖人）
2023年：全国创新争先奖
2022年：何梁何利奖
2022年：《生物大灭绝之迷》获得2022年度中国科学院优秀科普图书
2022年：南京大学地球科学与工程学院科研贡献奖
2021年：获得“2020年度江苏省先进工作者”称号。
2021年： 获得南京大学2020年度科学研究突出贡献奖。
2021年：《科学家重现地球3亿多年生物多样性历史》获得2020年度《中国十大科学进展》、《中国十大科技进展新闻》、《中国高校十大科技进展》。
2019年： 获得《国际地层委员会》ICS Medal。
2015年：李四光地质科学奖
2013年：中国古生物学会《尹赞勋地层古生物奖》
2012年：《阐明二叠纪-三叠纪之交末生物大灭绝的模式及其原因》获得《2012年度中国科学十大进展》
2011年：江苏省第三期“333新世纪科学技术带头人工程”突出贡献奖。
2010年：《中国的乐平统和二叠纪末生物大灭绝研究》获得国家自然科学二等奖（第二获奖人）
2008年：《二叠纪末生物大灭绝》获得江苏省科技进步一等奖（第二获奖人）
2004年：《新世纪百千万人才工程国家级人选》
2003年：《优秀回国人员成就奖》
