自然资源研究院现有九个研究中心,分为四大部分,分别是能源、空间、固废资源化、以及水-土-生(环境)四个部分,能源部分包含油气资源研究中心、可再生能源研究中心;空间部分包含国土空间优化与管制研究中心、地下空间研究中心、宜居环境与未来城市研究中心;固废资源化部分包含城市矿产研究中心;水-土-生(环境)部分包含环境资源与风险研究中心、水科学研究中心、湿地与滩涂研究中心。