（1）“土壤-地下水系统中典型新污染物运移过程及环境效应”，教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）自然科学二等奖，2023，排名1/9 （孙媛媛; 吴吉春; 杜文超；徐红霞; 许美玲; 吕雪艳; 孙凯璇; 郭红岩; 施小清）
（2）“非饱和带典型污染物的环境风险评估及修复技术研究”，教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）科技进步一等奖，2019，排名3/8（吴吉春; 郭红岩; 孙媛媛; 徐红霞; 杜文超; 季荣; 尹颖;艾弗逊）
（3）“典型污染物毒性效应机制与早期预警方法研究” 教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）自然科学一等奖，2010，排名6/10（王晓蓉; 郜洪文; 朱东强; 尹大强; 于红霞; 孙媛媛; 张景飞;郭红岩; 施华宏; 孙琴）
（4）第二届全国水利类专业青年教师讲课竞赛特等奖，教育部高等学校水利类专业教学指导委员会，孙媛媛1/1，2010